O Ministério da Marinha afirma que os tiros e exercícios de treinamento da esquadra brasileira efetuados no arquipélago de Alcatrazes (33 km de São Sebastião, em São Paulo), são mais inofensivos para o ecossistema das ilhas do que o turismo ecológico. Dossiê elaborado pelo ministério mostra que a área de tiro da Marinha utiliza 4,7% da área do arquipélago. Segundo o documento, Alcatrazes oferece hoje "condições invejáveis de manutenção de ecossistema" graças à ocupação da Marinha que impediu o estabelecimento do homem na área, "sabidamente o maior predador do meio ambiente". Segundo a Marinha, os alvos para os exercícios foram pintados numa encosta rochosa, praticamente sem vegetação. Ainda de acordo com o dossiê, apesar de a esquadra ter usado o local durante 10 anos, não houve prejuízo à fauna do arquipélago. Os exercícios da esquadra brasileira no arquipélago recomeçaram em abril último, quando a Justiça determinou ser improcedente uma ação movida por ambientalistas. Para a organização não-governamental (ONG) Sociedade de Defesa do Litoral Brasileiro, que criou o Projeto Alcatrazes, os exercícios da Marinha no arquipélago destroem o ecossistema das ilhas. A proposta do Projeto Alcatrazes é a criação nas ilhas de um parque marinho. As visitas terrestres às ilhas seriam permitidas só aos pesquisadores. Os turistas poderiam apenas mergulhar ou passear de barco ao redor das ilhas. Segundo Roberto Bandeira, coordenador técnico do projeto, os 4,7% que a Marinha diz que utiliza no arquipélago correspondem a 22% da área de floresta. Segundo o biólogo Fausto Pires de Campos, coordenador do projeto, 26% da mata atlântica do arquipélago foi destruída pelos exercícios de tiro. Os pesquisadores acreditam que devido à essa destruição, 5% das espécies da fauna e flora do local tenham desaparecido (FSP).