Os programas de governo para a área energética de Fernando Henrique Cardoso (PSDB) e de Luiz Inácio Lula da Silva (PT), os dois principais candidatos à Presidência, apresentam divergências em relação ao destino do programa nuclear brasileiro. O programa de FHC não embute um planejamento específico para a geração de eletricidade a partir da energia nuclear. "Esta é uma questão muito específica e não entra no planejamento integrado. Uma vez eleito FHC, vai ser feita uma análise para se avaliar o que deverá ser feito", disse o coordenador da área energética do programa do candidato tucano, David Zylberstajn. O programa de Lula, em contrapartida, abrange mudanças radicais. De acordo com o coordenador da campanha para o setor de energia, Luiz Pinguelli Rosa, o projeto de construção da usina nuclear de Angra 3 será cancelado. A usina nuclear de Angra 2 deverá passar por uma auditoria técnica e econômica para se chegar ao volume de recursos necessários para a conclusão das obras. O ponto mais polêmico do programa do candidato petista, contudo, é o objetivo de transferir o chamado programa nuclear autônomo-- que inclui o desenvolvimento da tecnologia do ciclo do combustível nuclear e o projeto de construção de um reator nuclear--, coordenado atualmente pela Marinha, para o controle civil. Segundo Pinguelli Rosa, o projeto de desenvolvimento de um submarino nuclear, que está aglutinando as pesquisas que deverão resultar em um reator nuclear brasileiro, deverá ser incluído em um programa de renovação da frota naval, com as pesquisas nucleares transferidas para o controle do Ministério da Ciência e Tecnologia. Se eleito, FHC terá, "como referência, o que não significa um compromisso", conforme explica Zylberstanj, uma meta de investimentos na expansão do setor elétrico de US$6 bilhões anuais, entre 1995 e 1998, contra os atuais US$2 bilhões por ano (GM).