Um dos remédios propostos pelo relatório da CPI para conter a corrupção no Orçamento é aumentar o poder do próprio Congresso. Apesar de ser o centro dos esquemas de desvio de verbas públicas investigados pela CPI, o Congresso Nacional quer tomar conta de todo o processo orçamenário, retirando do Poder Executivo a prerrogativa de elaborar o projeto inicial. O relator Roberto Magalhães (PFL-PE) batizou sua proposta de "elaboração compartilhada do Orçamento". A lei seria elaborada, discutida e votada nas comissões técnicas permanentes da Câmara e do Senado, com participação de representantes do governo. Depois, encaminhada ao plenário para votação. Atualmente, o projeto do Orçamento é elaborado exclusivamente pelo Executivo. O texto vai pronto para o Congresso, que discute a proposta e tem poder de alterá-la através de emendas. Para fazer frente à nova tarefa que propõe aos parlamentares, o relatório apresenta também sugestões para reformular a sistemática de tramitação do projeto. Uma dessas sugestões é a extinção da Comissão de Orçamento, o coração do escândalo de corrupção. Ela seria substituída por uma Comissão de Sistematização Orçamentária, com a tarefa de apenas consolidar os textos produzidos nas comissões técnicas. Como complemento, o relatório propõe que sejam ressuscitadas as Comissões de Fiscalização e Controle da Câmara e Senado, para fiscalizar os gastos do governo. Para extinguir os esquemas de desvios de subvenções sociais, o relatório propõe a extinção das próprias subvenções. O financiamento de entidades beneficientes fica a cargo de Estados e Municípios. Com o objetivo de evitar falcatruas na apresentação de emendas, adota-se uma proposta semelhante: os parlamentares perdem o direito de propor emendas individuais. Elas só poderiam ser feita pelas próprias comissões, partidos e bancadas de cada Estado (FSP).