As eventuais ameaças à cultura e à autonomia das nações indígenas da fronteira norte brasileira, a falta de consulta aos próprios índios e o caráter sigiloso do "Projeto Calha Norte", são alguns dos aspectos que preocupam a CNBB, reunida em Brasília para discutir o assunto. Há um consenso dentro da CNBB quanto à gravidade do projeto nos seus aspectos sociais, políticos e antropológicos. Entre as preocupações do episcopado, estão as de que não tenha havido qualquer comunicação, por parte do governo, à sociedade civil brasileira, sobre o projeto (FSP).