Caso não consiga negociar com as empreiteiras a redução das multas previstas nos contratos que pretende cancelar, o governo do estado de São Paulo poderá ter uma despesa de Cr$13 bilhões, para extinguir a Paulipetro. O governo estadual pretende negociar com a Petrobras a transferencia do programa de prospecção, passando subsidios e informações em troca de ressarcimento dos investimentos, a partir do momento em que as explorações derem resultados concretos. Em tres anos de funcionamento, consumindo uma verba correspondente à toda Universidade de São Paulo (Cr$33 bilhões) só no ano passado, a Paulipetro fez uma unica descoberta de gas em Cuiabá Paulista, de pequenas proporções (FSP).