Iniciado no final dos anos 70, o programa nuclear paralelo conquistou espaço na política do governo a ponto de o programa nacional de energia nuclear (Pronen) sugerir investimentos de US$2 bilhões (cerca de Cr$172 bilhões) somente em projetos militares. O fechamento, pelo presidente Fernando Collor, do poço destinado a testes nucleares na Base do Cachimbo, no Sul do Pará, não significa que o programa está paralisado. A pesquisa desenvolvida pelas Forças Armadas continua sob sigilo e fora das salvaguardas internacionais contra bomba atômica. No relatório enviado ao presidente Collor, o grupo de trabalho do Pronen considerou prioritário a execução dos projetos de enriquecimento por ultracentrifugação (Marinha) e a laser (Aeronáutica). O Centro Tecnológico do Exército (CETEX), em Guaratiba (RJ), desenvolve projeto de reator nuclear moderado a grafite (produz mais plutônio). O plutônio, subproduto da queima do combustível, é elemento-chave na produção da bomba atômica. O Exército nega qualquer intenção de fabricar a bomba (FSP).