Mário Covas, do PSDB, é o candidato à Presidência da República preferido entre os 370 bispos brasileiros. Luís Inácio da Silva (PT), tem o apoio da maioria dos militantes das Comunidades Eclesiais de Base (CEBs) e de outras pastorais de base da Igreja (como a Operária, da Terra, dos Migrantes e da Juventude). Uma avaliação informal nesse sentido foi feita por teólogos e sociólogos que participaram do 7o. Encontro Interclesial das CEBs, realizado no final de junho em Duque de Caxias (RJ). Oficialmente, o episcopado adota três posições de consenso diante das eleições de novembro: a Igreja não apóia nenhum candidato em particular; afirma que os cristãos têm o direito e o dever de participar do processo político-eleitoral; tem também um perfil ideal de candidato à Presidência, baseado na honestidade, capacidade administrativa e no respeito ao "direito à vida". Este direito inclui a rejeição do aborto, da eutanásia, da tortura e das injustiças sociais (FSP).