A Ferrovia Norte-Sul mudou o curso de seus trilhos antes mesmo de serem iniciadas as obras. Em decisão tomada pelo Ministério dos Transportes, em conjunto com a Valec (empresa encarregada da execução do projeto), a ferrovia não mais se desviará de Uruaçu (MA) com destino a Brasília (DF), mas virá direto para Goiânia (GO) e o terminal de interligação com a Rede Ferroviária Federal (RFFSA) ficará no Município de Goianápolis (GO). Segundo a Valec, os estudos técnicos indicaram que o ramal Uruaçu/Brasília ficaria muito caro devido à construção de túneis e viadutos (JC).